يقع في منطقة القاهرة القديمة بالقرب من منطقة خان الخليلي الشهيرة والجامع الأزهر، وتاريخ بناء المسجد يمتد للعهد الفاطمي سنة 1154 ميلادية. ويضم ثلاثة أبواب رئيسة مبنية بالرخام الأبيض تطل على خان الخليلي، وبابًا آخر بجوار القبة، ويعرف بالباب الأخضر.
المسجد اكتسب قيمته ومكانته الروحية عند المصريين لما ينسب إلى الإمام الحسين بن علي رضي الله عنه، حفيد رسول الله صلى الله عليه وسلم، والمسجد مبني بالحجر الأحمر، أما منارته التي تقع في الركن الغربي القبلي، فقد بنيت على نمط المآذن العثمانية، ويشتمل المبنى على خمسة صفوف من العقود المحمولة على أعمدة رخامية، ومحرابه بني من قطع صغيرة من القيشاني الملون بدلاً من الرخام.